Theo MRB, việc đi ngầm toàn tuyến giúp có nhiều ưu điểm, trong đó thấy rõ nhất là góp phần giảm thiểu diện tích giải phóng mặt bằng, tiết kiệm đất xây dựng;

Giảm xung đột với các công trình dân dụng, giao thông trên mặt đất; tăng khả năng kết nối với các tòa nhà và công trình ngầm xung quanh các nhà ga; không phá vỡ cảnh quan đô thị dọc theo tuyến, cũng như tạo điều kiện phát triển không gian phía trên mặt đất với các công trình đô thị, giao thông, cầu vượt và các loại hình giao thông công cộng khác…

Việc phát triển và sớm đồng bộ mạng lưới đường sắt đô thị là yêu cầu bức thiết để đồng bộ giao thông công cộng, giảm ùn tắc ở Thủ đô.

Ngoài ra, phương án đi ngầm như trên cũng hạn chế chiếm dụng đất và cản trở giao thông trong quá trình thi công xây dựng; giảm thiểu ô nhiễm môi trường, kinh tế xã hội đối với khu dân cư dọc theo tuyến.

Tuy nhiên, theo MRB, đi ngầm tuyến đường sắt đô thị kéo dài, đoạn ga Hà Nội - Hoàng Mai cũng có những nhược điểm nhất định. Trong đó dễ thấy là việc đi ngầm toàn tuyến sẽ khiến chi phí đầu tư xây dựng cao; quá trình thi công công trình ngầm phức tạp, đòi hỏi công nghệ thi công xây dựng tiến tiến.

Quanh một số ý kiến cho rằng địa chất Hà Nội yếu, khó triển khai các công trình ngầm, để giải quyết vấn đề nêu trên, MRB cùng đơn vị tư vấn đã lựa chọn công nghệ thi công ngầm bằng TBM (Tunnel Boring Machine), đây là công nghệ thi công hầm tiên tiến bậc nhất trên thế giới. TBM có thể thi công trên mọi loại địa chất từ đá cứng đến đất yếu, đất sét, đất bồi hay đất cát dưới mực nước ngầm, đi xuyên núi hay dưới lòng biển.

Theo MRB, công nghệ TBM cũng có độ an toàn cao, thân thiện môi trường và không làm rung động, chấn động… thích hợp áp dụng cho đường hầm đô thị. Được biết, đoạn tuyến ga Hà Nội - Hoàng Mai chính là nối tiếp của tuyến đường sắt đô thị Nhổn - ga Hà Nội.