Cùng ra hầu Tòa trong vụ án này, 2 cựu Viện trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương là Đặng Đức Anh (sinh năm 1964) và Nguyễn Trần Hiển (sinh năm 1954) cũng lĩnh mức án 3 năm tù; Phạm Sơn Thủy (sinh năm 1959, cựu Kế toán trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương) lĩnh 4 năm tù về cùng tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".

Trước đó, theo cáo trạng, tháng 2/2023, Cục An ninh chính trị nội bộ, Bộ Công an nhận được đơn tố cáo của ông Đặng Đức Anh (Viện trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương) phản ánh về việc: Ban lãnh đạo Viện đã kiểm tra tài khoản và đối chiếu kiểm tra sổ sách của Phòng Tài chính - Kế toán, phát hiện trong thời gian từ ngày 1/1/2017 - 31/12/2022, Nguyễn Hoàng đã có hành vi rút 110 tỷ đồng từ 4 tài khoản của Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương nhưng không nhập quỹ tiền mặt của Viện.

Vào cuộc điều tra, Cơ quan công an làm rõ, từ tháng 3/2009 - 2/2023, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương mở 6 tài khoản ngân hàng (là nguồn tiền từ các hoạt động dịch vụ và nguồn tiền từ các dự án nước ngoài tài trợ).

Khi đó, bị cáo Nguyễn Hoàng với vai trò là Kế toán viên, Kế toán trưởng, Trưởng phòng Tài chính - Kế toán của Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương đã viết khống 409 giấy rút tiền, séc và ủy nhiệm chi (gọi chung là giấy rút tiền) để rút hơn 246 tỷ đồng. Trong đó, Hoàng đã trả hơn 94 tỷ đồng (để che giấu hành vi phạm tội). Cáo buộc cho rằng, số tiền mà bị cáo Hoàng đã chiếm đoạt của Viện là hơn 152 tỷ đồng.

Thủ đoạn phạm tội của Nguyễn Hoàng là viết khống đề xuất tạm ứng của các đơn vị, phòng ban thuộc Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương khi trình ký các giấy rút tiền; đã trà trộn các giấy rút tiền vào tập văn bản, chứng từ cần ký gấp để những cá nhân liên quan ký, phê duyệt trên các giấy rút tiền.

Từ năm 2009 - 2017, do Hoàng đã sửa đổi số liệu trên các báo cáo tài chính nên khi duyệt báo cáo cuối năm, lãnh đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương cũng như Vụ Kế hoạch - Tài chính, Bộ Y tế không phát hiện được việc bị cáo chiếm đoạt tiền.

Thời điểm từ 2018, với tư cách là Kế toán trưởng, bị cáo Nguyễn Hoàng đã khất nợ báo cáo tài chính với Vụ Kế hoạch - Tài chính. Vụ Kế hoạch - Tài chính đã có 2 công văn đôn đốc nhưng Hoàng vẫn không thực hiện.

Ngoài ra, để che giấu hành vi rút tiền, bị cáo đã rút tiền từ tài khoản này rồi lại nộp sang tài khoản khác hoặc nhiều lần vay, mượn tiền từ người thân, bạn bè để nộp tiền vào các tài khoản khi các tài khoản này cần tiền để sử dụng, quyết toán, kết thúc dự án.

Tại Cơ quan điều tra, Nguyễn Hoàng thừa nhận toàn bộ hành vi phạm tội. Toàn bộ số tiền sau khi chiếm đoạt của Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, Nguyễn Hoàng chỉ sử dụng cá nhân và đánh bạc theo hình thức chơi lô, đề, không chi cho bất kỳ ai.

Đối với bị cáo Đặng Đức Anh, theo cáo trạng, bị cáo đã thiếu kiểm tra, giám sát thông tin "người nhận tiền" đứng tên Nguyễn Hoàng; không kiểm tra xem có đề xuất phương án chi, chứng từ quyết toán chi, sự cần thiết phải rút tiền từ tài khoản hay không mà chỉ tin tưởng vào chữ ký xác nhận của kế toán trưởng là Phạm Sơn Thủy và Nguyễn Hoàng nên đã ký giấy rút tiền.

Cơ quan tố tụng cáo buộc, với vai trò thủ trưởng đơn vị, chủ tài khoản nhưng bị cáo Đặng Đức Anh đã không thực hiện việc kiểm tra quỹ tiền mặt của đơn vị; không thực hiện việc kiểm kê, đối chiếu số dư trong các tài khoản ngân hàng, dẫn đến việc bị cáo Nguyễn Hoàng nhiều lần rút tiền trong thời gian dài nhưng không được phát hiện kịp thời để có biện pháp ngăn chặn. Tổng số tiền thất thoát trong giai đoạn bị cáo Đặng Đức Anh làm Viện trưởng là hơn 129 tỷ đồng.

Đối với bị cáo Nguyễn Trần Hiển, bị cáo Nguyễn Hoàng biết người này hoàn toàn tin tưởng Phạm Sơn Thủy. Từ tháng 3/2009 - 2/2015, sau khi đã có chữ ký của bị cáo Thủy trên các chứng từ rút tiền, bị cáo Hoàng đã chuyển các giấy rút tiền đến Nguyễn Trần Hiển để trình ký kèm theo các tài liệu cần ký gấp để bị cáo Hiển không phát hiện. Quá trình duyệt ký các giấy rút tiền do Nguyễn Hoàng trình ký, bị cáo Nguyễn Trần Hiển đã thiếu kiểm tra, giám sát thông tin người nhận tiền đứng tên Nguyễn Hoàng; không kiểm tra xem có đề xuất phương án chi, chứng từ quyết toán chi, sự cần thiết phải rút tiền từ tài khoản hay không mà do tin tưởng Phạm Sơn Thủy là Kế toán trưởng. Tổng số tiền thất thoát trong giai đoạn ông Hiển làm Viện trưởng, chủ tài khoản là hơn 23 tỷ đồng.